Antes de inaugurar el Concilio, Juan XXIII creó en 1960 el Secretariado para la promoción de la unidad de los cristianos, una comisión preparatoria que más tarde se convertiría en el Pontificio Consejo para la Unidad de los Cristianos. Fue la primera vez que la Santa Sede creaba una estructura para tratar temas ecuménicos.
Desde la apertura del Concilio Vaticano II, el Papa Bueno destacó la naturaleza pastoral de sus objetivos: no se trataba de definir nuevas verdades ni condenar errores, sino que era necesario renovar la Iglesia para hacerla capaz de transmitir el Evangelio en los nuevos tiempos, buscar los caminos de unidad con las otras confesiones cristianas, buscar lo bueno de los nuevos tiempos y establecer un diálogo con el mundo moderno, centrándose primero “en lo que nos une y no en lo que nos separa”.
Al Concilio fueron invitados como observadores miembros de diversos credos, desde musulmanes hasta indios americanos, así como miembros de todas las iglesias cristianas: ortodoxos, anglicanos, cuáqueros, y protestantes en general, incluyendo, evangélicos, metodistas y calvinistas no presentes en Roma desde el tiempo de los cismas.
Así, el Concilio Vaticano II se convirtió en el hecho más decisivo de la historia de la Iglesia en el siglo XX. San Juan XXIII no pudo ver la conclusión porque falleció el 3 de junio de 1963. Quien prosiguió con la marcha del Concilio fue el Beato Pablo VI, que en unos días más será declarado santo, y que fue elegido Sucesor de San Pedro el 21 de junio de 1963.
El Concilio Vaticano II fue clausurado el 8 de diciembre de 1965 y dejó como legado una serie de importantes documentos que siguen siendo de gran actualidad. Cuatro Constituciones Dei Verbum, Lumen Gentium, Sacrosanctum Concilium y Gaudium et Spes; tres Declaraciones Gravissimum Educationis, Nostra Aetate y Dignitatis Humanae; y nueve decretos: Ad Gentes, Presbyterorum Ordinis, Apostolicam Actuositatem, Optatam Totius, Perfectae Caritatis, Christus Dominus, Unitatis Redintegratio, Orientalium Ecclesiarum y Inter Mirifica.
